Anche io ho incontrato il bug che azzera la tassonomia, quindi ho recuperato il backup e ho eseguito questa query:

UPDATE `term_node` AS t INNER JOIN `node` AS n ON t.nid=n.nid SET t.vid=n.vid

Grazie a http://drupal.org/node/569534#comment-2018056 per l'ispirazione, poi ho fatto a modo mio e mi sembra di aver fatto molto prima.